Zpracovani biologickych dat - cviceni, Z 2006/2007

Po 11:00-12:30, 12:45-14:15, mistnost K220

Cvicici: F. Karel - filip@karlovi.cz, D. Novak - xnovakd1@labe.felk.cvut.cz
Prednasejici: J. Klema, P.Posik, D.Novak

Osnova prednasek a rozvrh na strankach fakulty.

SEMESTRALNI PRACE+VYSLEDKY

Prvni prednaska
Druha prednaska
Treti prednaska
Ctvrta prednaska
!!! Download

Osnova cviceni a materialy

1. ZADANI SEM. PRACE, zpracovani EKG, popis arytmii, klasifikace arytmii,Nastroje pro zpracovani signalu
2.Klasicke metody zpracovani signalu, detekce QRS komplexu-!!!CLANEK!!!
3. Spektralni analyza, wavelets, !!!PREZENTACE!!!
4. ICA (Analyza nezavislych komponent) a zpracovani EKG
Reseni semestralni prace, !!!ICA DATA!!! ,easy2matlab, plotEEG

Semestralni uloha - Automaticke zpracovani EKG

Zadani:

Strucne pokyny pro vypracovani:
1) Predzpracovani signalu EKG - filtrace.

a) Signaly zasumte minimalne tremi ruznymi typy sumu, ktere se mohou v klinicke praxi objevit.
b) Porovnejte vysledky filtrace pomoci parametru SNR.

2) Detekce QRS komplexu, specialni algoritmy pro detekci jednotlivych vln zalozene na amplitude a 1. a 2. derivaci.

Na Vami odfiltrovane signaly z bodu 1) pouzijte detektor QRS komplexu, vytvorene pomoci algoritmu uvedenych v tomto clanku:

a) Algoritmus zalozeny na amplitude a 1.derivaci.
b) Algoritmus zalozeny pouze na 1.derivaci.
c) Algoritmus zalozeny na 1. a 2.derivaci.
d) Pokud chcete, pouzijte nektery dalsi algoritmus uvedeny v teto publikaci.

POZN.: Pokud chcete pouzijte nektery Vami navrzeny algoritmus splnujici zadani v bode a) - d) (namisto pouziti algoritmu z daneho clanku).

Nastavte konstanty detektoru, tak abyste maximalizovali presnost detekce Vami pouzitych algoritmu.
Porovnejte presnost detekce QRS komplexu Vami pouzitych algoritmu.

3) Seznamte se s principy transformace wavelets.

a) Odfiltrujte EKG signal pomoci wavelet transformace. Vysledky porovnejte s bodem 2) zadani
NEPOVINNE
b) Provedte kompresi EKG signalu pomoci wavelet transformace.
c) Detekujte QRS komplex opet pomoci vlnkove transformace. Vysledky porovnejte s klasickymi metodami, ktere jste implementovali v bode 2) zadani.

4)Seznamte se s principy ICA transformace.

a) Pomoci metody ICA odstrante artefakty EEG signalu . Jako pomocny soubor Vam muze slouzit IcaExample.m.

Zasady pro vypracovani protokolu:
Protokol by mel mit standardni formu. Mel by obsahovat: inicialy resitele, zadani, analyzu zadane ulohy, analyzu pouzitych algoritmu, popis implementace, experimenty, zhodnoceni experimentu - uspesnost klasifikace, zaver.


Doporucena literatura



Department of Cybernetics Faculty of Electrical Engineering CTU in Prague